В ближайшее время ожидается реформирование военной кафедры Государственного университета морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова. На ее основе будет создан военный учебный центр. Предполагается, что в результате реформы военный учебный центр позволит реализовать три программы военного обучения: подготовку офицеров, матросов и старшин запаса. Планируется  подготовка  кадровых офицеров.

Как сообщил отраслевому порталу «Российское судоходство»  ректор университета Сергей Барышников,  подготовка военных кадров осуществлялась в «Макаровке» до 2008 года. За этот период было подготовлено более 23 300 офицеров. В 2008 году военная кафедра была упразднена. Для ее восстановления университету пришлось проделать огромную работу.

Открытие военной кафедры в ГУМРФ имени адмирала С.О. Макарова поддерживали Морская коллегия при правительстве РФ; полномочный представитель президента РФ в СЗФО; министр транспорта РФ; губернатор и Законодательное собрание Санкт-Петербурга, Архангельской области; члены Совета Федерации и депутаты Государственной  думы и многие другие.

В соответствии с распоряжением правительства РФ от 13.12.2017 г. №2790-р в ФГБОУ ВО «ГУМРФ имени адмирала С.О. Макарова» военная кафедра вновь была открыта.  Начальником военной кафедры назначен кандидат военных наук капитан 1 ранга Алексеев Алексей Сергеевич.

С 1 сентября 2018 года студенты и курсанты, обучающиеся по очной форме обучения, приступили к подготовке по программам офицеров и матросов запаса.

Военная кафедра дает обучающимся дополнительное образование (освоение военно-учётной специальности), возможность пройти военную службу по контракту. Обучение на военной кафедре засчитывается в срок военной службы.

Государственный университет морского и речного флота имени адмирала С.О. Макарова образован объединением двух высших учебных заведений - Санкт-Петербургского государственного университета водных коммуникаций и Государственной морской академии имени адмирала С.О. Макарова.

В настоящее время университет представляет собой отраслевой вертикально интегрированный научно-образовательный комплекс. Его высокий рейтинг среди технических вузов России и зарубежных технических университетов обеспечивается высококвалифицированным составом профессоров и ученых, развитой материально-технической базой, современными технологиями и способами организации учебного процесса. Университет создает курсантам и студентам все условия для реализации своих способностей, готовит их к активной профессиональной и творческой деятельности.